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生物信息广泛涵盖基因组学、蛋白组学、系统生物学、表观遗传、非编码等前沿领域以及药物设 计、基因工程等应用领域。与传统的理论和实验学科不同,生物信息是一门数据科学,这就需要从业 者具备一定数据收集、管理、处理和分析的能力。在海量的组学数据面前,使用别人开发的软件及图 形界面操作往往不能解决工作中的问题,而简单的编程就可能解决问题,因而编程即成为一个生物信 息工作者的必备技能。本课程就是为生物信息初学者设计的编程研修班。选择 Python 作为生物信息的入门编程语言,是因为 Python 语言提供了从入门到高手的良好的学习曲线。Python 语言是至今为止最接近自然语言的编程语言,学过其它一些编程语言的学员甚至不 需要太多的训练就能读写其代码;模块化和面向对象的支持使得学员能不费力地从一个只能写几行代 码的操作员变成一个管理千行代码的程序员,同时书写良好可读性代码的编程习惯也会令其受益终 生;丰富的标准库和第三方包使得 Python 语言成为当前最好的“胶水语言”,把多方资源整合到一 起来解决工作中的问题。

使用linux服务器环境学习python编程,不求内容的宽而泛。通过编程实例由浅入深,集中力量学习脚本编写

专题一 Python生物信息经典案例解析与编程

1.python语言在生物信息学中的应用

2.python语言特点

3.常见的生物信息数据类型及如何与python语言结合

4.Python生物信息使用场景介绍以及经典案例实操演示 (fasta序列的合并; 序列长度的批量计算;特定序列的提取;文本处理和格式整理;重测序结果vcf的操作;转录组差异基因结果的筛选;多物种基因家族信息的提取和统计;特定基因集合注释的批量添加……)

5.生物信息大数据分析思路

6.相关书籍与资料推荐

7.自学编程经验分享

专题二 Python语法与案例操作

1.Python的安装及使用

2.Python在linux系统的运行

3.Python程序的运行

4.DOS、Unix命令行操作基本命令

5.Python变量定义、数字及基本运算

6.字符串实例脚本编写(DNA序列的操作)

专题三 Python语法与经典实例操作

1.列表

2.元组

3.字典

4.排序

5.分位数

6.异常处理

7.经典实例脚本编写 (基因名称与序列的存储、操作)

专题四 Python语言数据处理技巧与经典实例操作

1.函数、异常处理、

2.正则表达式

3.高通量测序技术类型及组学数据整合技巧

经典实例脚本编写 (正则表达式的匹配操作)

专题五 Python语言编写循环与经典实例操作

1.Python 编写循环

2.二代测序数据挖掘、与python的结合

3.测序数据获得序列号

4.经典实例脚本编写 (循环操作)

专题六 Python语言处理文件及论文写作技巧

1.文件读取与输出

2.如何使SCI论文更具科学性

3.(如何写作、摘要、Introduction、Results、Discussion如何写作才可以使审稿人眼前 一亮)

4.经典实例脚本编写 (文件操作)

专题七 Python 经典生物信息学数据处理实例

经典生物信息学数据操作实例巩固练习 (部分基因序列从数据库中的提取、基因注释信息的添加、基因启动子序列的提取、数据的排序、数据格式的转换、批量数据的操作。。。。。)

专题八复习与答疑讨论

另接生物信息实验

在科研的征程中,实验设计与数据分析如同车之两轮,缺一不可。汇智生物不仅提供从实验设计到结果解读的一站式服务,更以教授团队的专业智慧为您的研究保驾护航。我们的DAP-seq技术,无需特异性抗体,快速、高通量,助您轻松鉴定转录因子结合位点;ChIP-seq系列,深入解析组蛋白修饰的奥秘;ATAC-seq、BS-seq、Cut&Tag等技术,全方位揭示基因组的动态调控网络。互作组技术更是多维度解析生物分子间的精密合作。尽管技术之路充满挑战,但汇智生物以多年经验与专业能力,助您跨越难点,让科研之路更加顺畅。

服务项目

实验设计与指导:教授(优青)团队免费为客户提供实验整体打包服务的设计指导,这意味着客户在进行科研项目时,可以借助公司专业团队的经验和智慧,制定科学合理的实验方案,提高实验的成功率和效率。

结果解读与论文润色:同样由教授(优青)团队免费为客户解读实验结果,并提供SCI论文的润色服务。这有助于客户更好地理解实验数据背后的意义,同时提升论文的质量和可读性,增加在国际知名期刊上发表的机会。

具体实验技术服务

表观组与互作组服务:涵盖了多种先进的实验技术,如DAP-seq、ChIP-seq系列(包括H3K4me3、H3K27ac等)、ATAC-seq、BS-seq、Cut&Tag,以及Co-IP、IP-MS、EMSA、Y1H、Y2H、BiFC、Pull-Down等。这些技术广泛应用于研究基因表达调控、蛋白质-DNA/RNA相互作用、染色质状态等多个方面,为生命科学研究提供了全面的技术手段。

其他服务:还包括文库构建、蛋白表达、亲和纯化、测序分析等,这些服务是进行各类组学研究和实验技术的基础支持,确保实验的顺利进行和数据的准确性。

技术优势与应用

DAP-seq技术:通过体外表达转录因子来鉴定其结合位点,具有高通量、快速、节约时间成本等优势,且不受抗体和物种限制,比Chip-seq更易于扩展,适用于模式物种和非模式物种的研究,能为客户提供完整的基因功能分析解决方案。

组蛋白甲基化修饰工具(H3K4me3 ChIP-seq):组蛋白甲基化修饰是表观遗传学研究的重要内容之一,H3K4me3作为一种高度保守且被广泛研究的修饰类型,其检测有助于深入了解基因表达调控机制。该技术可高通量检测组蛋白不同修饰在基因组上的分布规律,适用于多个物种的检测,且抗体已完全商业化,方便快捷。

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